Untuk pencapaian visi dan misi Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Gadjah Mada menjadi pusat unggulan agroindustri melalui lima tujuan, yaitu:
- Penguatan sinergi antar Departemen dalam melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi
- Peningkatan mutu dan tata kelola Program Sarjana dan Pascasarjana untuk mencapai reputasi internasional
- Peningkatan reputasi akademik lulusan melalui pengembangan etika keilmuwan, socio-techno-preneur dan soft skill mahasiswa
- Peningkatan kualitas dan jumlah hasil riset inovatif yang siap dipublikasikan dan diaplikasikan di industri dan masyarakat secara terpadu
- Pengembangan kerja sama eksternal yang tersistem untuk pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat