Fakultas Teknologi Pertanian telah menjalin berbagai kerjasama dan kemitraan dengan berbagai Institusi Pemerintah, Perguruan Tinggi, maupun Perusahaan baik yang berasal dari Dalam Negeri maupun Luar Negeri. Beberapa kerjasama dan Kemitraan tersebut diantaranya :
Perguruan Tinggi
Ehime University, Jepang
Katsersat University, Thailand
Universitas Mataram, Nusa Tenggara Barat
Universitas Sam Ratulangi, Sulawesi Utara
Universitas Santo Thomas, Sumatera Utara
Universitas Trunojoyo, Madura
Instansi Pemerintah
Dinas Pertanian DIY
Balai Besar POM Yogyakarta
Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA) Kabupaten Tegal
Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Papua
Pemerintah Kabupaten Raja Ampat Provinsi Papua Barat
Direktorat Jenderal Sumber Daya Air Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat
Dinas Ketahanan Pangan Kab. Bengkulu Selatan
Perusahaan
PT Unilever
PT Tiga Pilar Sejahtera
PT Prodia Diacro Laboratories
PT Dujung Sejahtera Bersama
PT Indolakto
PT Lautan Natural Krimerindo