Dalam Peraturan Pemerintah No. 60/1999 pasal 45 telah dinyatakan bahwa struktur organisasi fakultas terdiri atas (1) Unsur Pimpinan : Dekan dan Pembantu (Wakil) Dekan, (2) Senat Fakultas, (3) Pelaksana Akademik : Jurusan, Laboratorium dan Kelompok Dosen, (4) Pelaksana Administratif : Bagian Tata Usaha. Untuk menunjang kelancaran administrasi akademik, maka di Fakultas Teknologi Pertanian UGM ada Seksi Akademik dan Kemahasiswaan
Sejak 1 Januari 2000, Universitas Gadjah Mada ditetapkan menjadi Universitas berbadan hukum milik negara (BHMN) berdasarkan peraturan pemerintah No. 153/2000. Maka sejak itu terjadi perubahan tatanan di semua bidang secara bertahap termasuk organisasi mulai dari tingkat universitas sampai pada fakultas. Kemudian semenjak diberlakukannya Peraturan Pemerintah No. 58/2013 tentang Bentuk dan Mekanisme Pendanaan Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum, maka status dari UGM berubah menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN Bh). Perubahan ini memberikan konsekuensi terutama terhadap perubahan sistem pengelolaan keuangan dan segala aspek yang menyangkut dengan pendanaan untuk kegiatan pendidikan di UGM.
Struktur organisasi Fakultas Teknologi Pertanian UGM disajikan pada Gambar 3-1. Untuk pengelolaan program studi mulai dari program D3, S1, S2 sampai S3 dibentuk organisasi pengelolaan seperti pada Gambar 3-2. Dalam hal ini pengelolaan program studi Sarjana dan Pascasarjana dipimpin oleh Ketua Program Studi dan bertanggung jawab kepada Dekan melalui Ketua Departemen.
