Fakultas Teknologi Pertanian UGM memiliki 16 laboratorium yang terdistribusi pada ketiga Departemen. Departemen Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian memiliki 5 (lima) laboratorium, Departemen Teknik Pertanian dan Biosistem memiliki 5 (lima) laboratorium, dan Departemen Teknologi Industri Pertanian memiliki 6 (enam) laboratorium. Kepala Laboratorium bertugas mengorganisasikan dan mengarahkan pengembangan ilmu di bidang yang spesifik bersama-sama dengan anggotanya yang terdiri atas para dosen. Disamping fasilitas laboratorium, Fakultas Teknologi Pertanian juga memiliki sarana pendukung pembelajaran berupa Unit Inkubator.
Berikut ini adalah daftar kepala laboratorium yang ada di lingkungan Fakultas Teknologi Pertanian (FTP) UGM per Desember 2022 sebagai berikut: